לימודי התנ”ך מזמנים עיסוק במיומנויות לימוד הקשורות לאמנות הסיפור המקראי ולמיומנויות יסוד נוספות כדוגמת: איתור פרטי מידע, הסקת מסקנות מבוססות ומנומקות, הצגת שאלות, העלאת השערות, שימוש בראיות לבניית הסבר.
בחטיבה ישנה חלוקה ברורה בין לימוד לשם בקיאות לבין לימוד מעמיק יותר, שבו התלמידים נדרשים להעמיק בתכנים הערכיים העולים מסוגיות הלימוד ובמיומנויות המתאימות לגילם. בכל שכבת גיל לומדים ארבע או חמש מיומנויות, ובכל שנה ישובו וישתמשו באותן המיומנויות שכבר נלמדו. המיומנויות יילמדו בזיקה לתכני ההוראה, ישרתו תכנים אלה וידגישו את הערכים האוניברסליים העוסקים בהומניזם ובתורת המוסר.
